Главная святыня нашего монастыря – святые мощи Преподобного отца нашего, Небесного покровителя нашей обители, Нила Столобенского и всея России чудотворца, ныне почивают в Богоявленском соборе Ниловой пустыни. Более трехсот лет благочестивые паломники и богомольцы прибывают на остров Столобный поклониться Преподобному.

Утраченные святыни

За годы Советской власти бесследно исчезли богатая ризница обители и многие святыни Ниловой пустыни. До революции в Богоявленском соборе на передней стенке арки над святыми мощами Преподобного Нила находилась чудотворная келейная икона Преподобного – Селигерская–Владимирская икона Божией Матери, украшенная в 1873 году золотым окладом. Именно эта икона упоминается в житии святого, и пребывала с Преподобным всё время Его подвигов на острове Столобный.

В иконостасе Благовещенского придела собора размещалась прославленная святыня монастыря – первая икона Нила Столобенского, выполненная в 1595 году иноками Иовом и Нифонтом. В левом Никольском приделе имелась древняя икона Смоленской Богоматери, украшенная серебряным с позолотой окладом. В соборе также находилась особо почитаемая древняя Тихвинская икона Богоматери, мерой и подобием соответствовавшая явленному образу Богоматери в Тихвине.

Среди святынь монастыря упоминалась также древняя дубовая рака Преподобного Нила Столобенского, в которой святые мощи находились с 1667 года по 1764 год. Ризница обители в 1909 году насчитывала более двух тысяч предметов. Здесь также хранились многочисленные реликвии связанные с историей обители.